南方医科大学学报主要报道本校各学科国内领先或达到国际水平的科研成果、新技术新方法和临床诊疗经验，是介绍教学、医疗、科研新发现、新发明、新成果的园地和反映本校及协作单位教学、医疗、科研水平的窗口。设有专家论坛、学术争鸣、基础研究、临床研究、技术方法、经验交流、科研管理、研究快报、病例报告及综述等栏目，以中高级医药卫生人员为主要读者对象。与十几个国家和地区（如美国、英国、加拿大、荷兰、比利时、澳大利亚、意大利、日本、朝鲜、韩国、罗马尼亚；台湾、香港、澳门）保持交流。