本刊是目前国内唯一的胃肠外科专业性学术期刊。1998年创刊，1999年正式公开发行。2000年加入国家统计源期刊并由中国科协主管，跻身于中华医学会系列杂志行列，2001年第一期始更名为《中华胃肠外科杂志》。2003年由季刊改为双月刊。2005年2月在美国国立图书管“文献选择技术评审委员会”的评审中获得“very good"的评价，同年3月被MEDLINE数据库正式收录（目前为止，我国外科类医学期刊只有两本进入该数据库，另一本是《中华外科杂志》）。 我刊主要刊登从食管至肛门的所有消化道疾病的临床研究和基础研究的成果与进展，以从事普通外科和胃肠食管外科以及相关专业的临床、科研、教学的高中级工程师为主要读者对象。办刊宗旨是全面系统地反映我国胃肠外科领域的学术动态和国内外最新进展，促进我国胃肠外科的学科发展和学术交流。 2007年中华医学会与万方数据携手推动医药信息服务，本刊电子版已独家授权万方数据来实现其数字化服务推广。